Der Materialmaler Jaap Wagemaker besuchte die Abteilung für Dekorative Kunst an der Kunstgewerbeschule seiner Heimatstadt Haarlem. Dies legte den Grundstein für sein Wissen über die verschiedenen Materialien, die er später in seinen Werken verwendete, und machte ihn zum wichtigsten niederländischen Vertreter der internationalen 'Materialmaler' der 1950er und 1960er Jahre.
Vor dem Zweiten Weltkrieg malte er im flämischen expressionistischen Stil im Stil des Belgiers Constant Permeke. Später beeinflusste der niederländische Expressionist Herman Kruyder sein Werk. Nach dem Krieg bezog Wagemaker ein Atelier in der Zomerdijkstraat in Amsterdam, einen Gebäudekomplex mit 16 Atelierwohnungen mit Wohn- und Arbeitsräumen für bildende Künstler. In dieser Zeit wurde er, wie viele andere Maler auch, von Picasso beeinflusst und war auch von der CoBrA-Gruppe fasziniert, fand jedoch keinen Anschluss an eine der vorherrschenden Bewegungen, die seiner bevorzugten Ausdrucksweise entsprach.
Nach 1945 entstand in Paris eine freie Kunstbewegung, eine lyrische Abstraktion, die entschieden mit dem Vorkriegsrealismus brach. Wagemaker besuchte die dortige École de Paris und war beeindruckt von den Werken Braques, Kandinskys und Klees. In den 1950er Jahren führte diese freie und oft farbenfrohe Abstraktion zu einer Unterbewegung, die als 'Informelle Kunst' bekannt wurde. Erkennbare figurative Elemente und Formen eines Gemäldes verschwanden und machten Platz für Material und Materie als Ausdrucksmittel für eine kleine Anzahl gleichgesinnter Künstler in Europa, wie Alberto Burri, Antonio Tapiès und Jean Dubuffet. Wagemakers erste Experimente mit einem freieren und robusteren Materialeinsatz gehen auf das Jahr 1956 zurück, woraufhin er sich schnell einen Ruf als 'Materiemaler' erwarb. Besonders bekannt wurde er in Deutschland, wo er in bedeutenden Galerien ausstellte. In den Niederlanden erwarb das Museum Boymans van Beuningen in Rotterdam 1956 sein erstes Werk, und 1957 stellte er erstmals im Stedelijk Museum Amsterdam aus.
Ab 1955 wuchs die Anerkennung seiner Arbeit in den Niederlanden. Er stellte regelmäßig im Stedelijk Museum aus, wo er 1957 und 1967 Einzelausstellungen hatte, sowie 1965 im Gemeentemuseum Den Haag. Ab 1960 begann sich Wagemakers charakteristische Materialkunst zu entwickeln: abstrakte Assemblagen, für die er Seile, Jute, Schieferplatten, Muscheln, Holzstücke, Metall – Schrauben und Bolzen – und sogar Knochen verwendete, die vollständig in die Kompositionen integriert waren. Er mischte die Farbe, meist in Erdtönen, mit feinem Sand, wodurch die Struktur eine feinkörnige Textur erhielt.
1961 stellte Wagemaker im Museum of Modern Art in New York aus, das auch ein Werk von ihm erwarb. In den Niederlanden erhielt er 1962 den renommierten Talens-Preis, und bedeutende niederländische und internationale Museen erwarben seine Werke.